Video: Apakah fail indeks BAM?
2024 Pengarang: Lynn Donovan | [email protected]. Diubah suai terakhir: 2023-12-15 23:51
A fail BAM (. bam ) ialah versi binari SAM fail . A SAM fail (. sam) ialah teks yang dibataskan tab fail yang mengandungi data penjajaran jujukan. Pengindeksan : IGV memerlukan kedua-dua SAM dan fail BAM disusun mengikut kedudukan dan diindeks , dan bahawa fail indeks ikut konvensyen penamaan tertentu.
Begitu juga, orang bertanya, bagaimana cara saya membuka fail BAM?
Daripada Fail menu pilih Buka dan pilih fail BAM dari sebelah kiri. Pilih butang di sebelah kanan yang tertera Tambah a fail BAM . Navigasi ke BAM Ujian Fail folder yang anda muat turun pilih with_index_with_graph. klik Buka , pilih peta.
Kedua, bagaimana saya menukar fail BAM kepada Fastq? Di bawah ialah langkah-langkah untuk Menukar Fail BAM kepada format FASTQ. Ini akan berfungsi pada Linux dan memerlukan SAMTOOLS dan BEDTOOLS
- Muat turun SAMTOOLS.
- Ekstrak menggunakan Command tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Ia akan mencipta folder dengan nama samtools-version.
- Beralih ke direktori cd samtools-version.
Begitu juga, bagaimana saya menukar fail BAM kepada fail SAM?
Kepada tukar SAM kepada BAM , kami menggunakan arahan pandangan samtools. Kita mesti menyatakan bahawa input kita ada format SAM (secara lalai ia menjangkakan BAM ) menggunakan pilihan -S. Kita juga mesti mengatakan bahawa kita mahu output menjadi BAM (secara lalai ia menghasilkan BAM ) dengan pilihan -b.
Apakah yang dilakukan oleh pandangan Samtools?
Samtools ialah satu set utiliti yang memanipulasi penjajaran dalam format BAM. Ia mengimport dari dan mengeksport ke format SAM (Sequence Alignment/Map), tidak menyusun, menggabungkan dan mengindeks, dan membolehkan untuk mendapatkan semula bacaan di mana-mana kawasan dengan pantas. Samtools direka bentuk untuk berfungsi pada aliran.
Disyorkan:
Apakah tujuan pembatas dalam nama fail teks dua pembatas fail teks biasa?
Fail teks yang dibataskan ialah fail teks yang digunakan untuk menyimpan data, di mana setiap baris mewakili satu buku, syarikat atau perkara lain dan setiap baris mempunyai medan yang dipisahkan oleh pembatas
Apakah perbezaan antara fail program dan fail program 86x?
Folder Program Files biasa memegang aplikasi 64-bit, manakala 'Program Files (x86)' digunakan untuk aplikasi 32-bit. Memasang aplikasi 32-bit dalam PC dengan Windows 64-bit secara automatik akan diarahkan ke Fail Program (x86). Lihat Fail Program danx86
Apakah organisasi fail dan fail?
Organisasi Fail merujuk kepada hubungan logik antara pelbagai rekod yang membentuk fail, terutamanya berkenaan dengan cara pengenalan dan akses kepada mana-mana rekod tertentu. Secara ringkas, Menyimpan fail dalam susunan tertentu dipanggil Organisasi fail
Apakah indeks dan cipta indeks dalam SQL?
Penyata SQL CREATE INDEX. Pernyataan CREATE INDEX digunakan untuk mencipta indeks dalam jadual. Indeks digunakan untuk mendapatkan semula data daripada pangkalan data dengan lebih cepat daripada sebaliknya. Nota: Mengemas kini jadual dengan indeks mengambil lebih banyak masa daripada mengemas kini jadual tanpa (kerana indeks juga memerlukan kemas kini)
Apakah perbezaan antara indeks kluster dan indeks sekunder?
Indeks utama: dalam fail yang tersusun secara berurutan, indeks yang kunci cariannya menentukan susunan urutan fail. Juga dipanggil indeks pengelompokan. Indeks sekunder: indeks yang kunci cariannya menentukan susunan yang berbeza daripada susunan berurutan fail. Juga dipanggil indeks bukan pengelompokan